KAPA 超外顯子組

高效、均勻的基于雜交的全外顯子組測序捕獲

新的 KAPA HyperExome 探針池結合了十多年的探針設計經(jīng)驗和改進(jìn)的探針制造工藝，能夠高效、均勻地基于雜交捕獲全外顯子組測序 (WES)。實(shí)現對基因組變異的靈敏、可靠的檢測，包括外顯子區域內的單核苷酸變異 (SNV)、插入/缺失、拷貝數變異 (CNV)、基因融合、倒位和其他重排。

·       通過(guò)好的捕獲均勻性 降低檢測變異所需的測序量，從而降低測序成本并節省時(shí)間

·       可靠地豐富具有挑戰性的、以前無(wú)法接近的外顯子區域

·        利用 387 個(gè)樣本追蹤 SNP確保準確識別樣本

·        使用由 KAPA HyperPrep 或 KAPA HyperPlus Library Prep Kits 驅動(dòng)的 HyperCap Workflow v3簡(jiǎn)化靶向測

性能數據

降低測序成本并節省時(shí)間

·       利用 KAPA HyperExome 緊湊的 ~43 Mb 設計優(yōu)化測序吞吐量

·       與供應商 X 相比實(shí)現更好的覆蓋率，尤其是更深層次的排序

與供應商 X Exome 相比，KAPA HyperExome 具有更高的目標讀取百分比、更深的中值覆蓋率和更廣泛的目標覆蓋率。 

圖 1.與供應商 X Exome 相比，KAPA HyperExome 具有更高的目標讀取百分比、更深的中值覆蓋率和更廣泛的目標覆蓋率。

對于 KAPA HyperExome 和供應商 X 外顯子組工作流程：對來(lái)自 16 個(gè)細胞系的 DNA 進(jìn)行三次處理（每個(gè)工作流程總共 48 個(gè)文庫）；對輸入 DNA 進(jìn)行酶切；在捕獲前將樣本以 8 個(gè)為一組進(jìn)行多路復用并雜交 16 小時(shí)；用 8 個(gè) PCR 循環(huán)擴增最終的捕獲后文庫；并在 Illumina® NovaSeq™ 測序儀上對文庫進(jìn)行測序（2 x 100 bp）。對于 KAPA HyperExome 樣本，使用 KAPA HyperPlus 試劑盒、KAPA 通用適配器和 KAPA UDI 引物混合物從 100 ng DNA 制備文庫；在 8 個(gè)捕獲前 PCR 循環(huán)后在 55oC 下進(jìn)行雜交和清洗。根據制造商的說(shuō)明，從 50 ng 基因組 DNA 制備供應商 X 樣本。為了進(jìn)行分析，測序數據按外顯子組面板大小按比例進(jìn)行子采樣，以實(shí)現相同的目標平均覆蓋深度。

通過(guò)好的捕獲均勻性很大程度地提高吞吐量

·       利用設計專(zhuān)業(yè)知識和使用廣泛優(yōu)化的面板來(lái)提高測序效率

·       即使在難以捕捉的區域也能實(shí)現最佳的整體平衡

圖 2. KAPA HyperExome 實(shí)現高度均勻的覆蓋——即使在 %GC 較高或較低的區域也是如此。 

在使用 KAPA HyperExome 探針捕獲之前，使用 KAPA HyperPlus 試劑盒和 KAPA 通用適配器和 KAPA UDI 引物混合物從 100 ng DNA 中制備文庫。文庫 (8) 在捕獲前進(jìn)行多路復用，與探針雜交 16 小時(shí)，捕獲后擴增，并在 Illumina NovaSeq 測序儀上測序 (2 x 100 bp)。條形圖表示來(lái)自 16 個(gè)不同細胞系的數據，重復處理三次。面板 B 中的每個(gè)數據集都來(lái)自不同的細胞系。

可靠地豐富具有挑戰性的、以前無(wú)法接近的外顯子區域

·       提高重要基因組數據庫（包括 ACMG59、CCDS 和 ClinVar）中關(guān)鍵研究基因的覆蓋率

·       使用全面而緊湊的 KAPA HyperExome 面板發(fā)現更多變體

圖 3.與供應商 X Exome 相比，KAPA HyperExome 對重要基因組數據庫的覆蓋范圍更廣。 

對于 KAPA HyperExome 和供應商 X 外顯子組工作流程：對來(lái)自 16 個(gè)細胞系的 DNA 進(jìn)行三次處理（每個(gè)工作流程總共 48 個(gè)文庫）；對輸入 DNA 進(jìn)行酶切；在捕獲前將樣本以 8 個(gè)為一組進(jìn)行多路復用并雜交 16 小時(shí)；用 8 個(gè) PCR 循環(huán)擴增最終的捕獲后文庫；并在 Illumina® NovaSeq™ 測序儀上對文庫進(jìn)行測序（2 x 100 bp）。對于 KAPA HyperExome 樣本，使用 KAPA HyperPlus 試劑盒、KAPA 通用適配器和 KAPA UDI 引物混合物從 100 ng DNA 制備文庫；在 8 個(gè)捕獲前 PCR 循環(huán)后在 55oC 下進(jìn)行雜交和清洗。根據制造商的說(shuō)明，從 50 ng 基因組 DNA 制備供應商 X 樣本。為了進(jìn)行分析，測序數據按外顯子組面板大小按比例進(jìn)行子采樣，以實(shí)現相同的目標平均覆蓋深度。

確保樣品識別準確

研究人員經(jīng)常使用對照加樣來(lái)跟蹤整個(gè) NGS 工作流程中的樣本。但是，樣本處理錯誤仍然會(huì )導致樣本識別錯誤。HyperExome 針對 387 個(gè)選定的 SNP 位點(diǎn)，將其作為獨立于樣本處理的內在樣本標識符，使研究人員能夠：

·       消除與手動(dòng)添加樣品跟蹤添加物相關(guān)的錯誤

·       提高 NGS 結果的可靠性，增強對樣本身份的信心

·       減少昂貴的樣品錯誤識別